Pasal 3 ayat (4) PP Nomor 55 Tahun 2016 menetapkan bahwa BPHTB merupakan jenis pajak yang dibayar sendiri berdasarkan perhitungan oleh Wajib Pajak (self assessment). Dalam hal terjadi kelebihan pembayaran BPHTB, berdasarkan ketentuan Pasal 165 (4) UU Nomor 28 Tahun 2009, Kepala Daerah menerbitkan Surat Ketetapan Pajak Daerah lebih Bayar (SKPDLB) berdasarkan permohonan dari Wajib Pajak. Sesuai ketentuan Pasal 165 ayat (8) UU Nomor 28 Tahun 2009, tata cara pengembalian lebih bayar pajak daerah diatur dengan Peraturan Kepala Daerah.