1. Dana Keistimewaan DIY diajukan oleh Pemda DIY, dibahas dengan kementerian/lembaga terkait, dan kemudian dianggarkan dan ditetapkan dalam APBN sesuai dengan kemampuan keuangan negara.
  2. Pengalokasian Dana Keistimewaan DIY sesuai dengan kebutuhan DIY dan kemampuan keuangan negara.
  3. Sesuai Pasal 2 sampai dengan Pasal 6 Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 173/PMK.07/2018 tentang Tata Cara Pengalokasian dan Penyaluran Dana Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta, mekanisme pengalokasian Dana Keistimewaan DIY adalah sebagai berikut:
    • Gubernur DIY mengajukan usulan rencana kebutuhan DK DIY yang dilengkapi dengan Kerangka Acuan Kerja (program/kegiatan) kepada Menkeu c.q. Dirjen PK, paling lambat minggu pertama Februari;
    • Menkeu bersama Mendagri dan K/L terkait melakukan penilaian kelayakan program/kegiatan usulan DK DIY. Hasil penilaian dituangkan dalam berita acara paling lambat minggu ketiga Februari;
    • DJPK bersama DJA dan BKF melakukan penelaahan usulan DK DIY;
    • DJPK menyampaikan Indikasi Kebutuhan Dana Keistimewaan kepada Menteri Keuangan melalui DJA paling lambat bulan Februari;
    • Menteri Keuangan menetapkan pagu indikatif dan pagu anggaran Dana Keistimewaan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
    • Pagu Indikatif dan Pagu Anggaran dibahas dengan DPR dan ditetapkan menjadi Alokasi DK DIY dalam Perpres mengenai rincian APBN setelah UU APBN ditetapkan.